Hija de la actriz Enriqueta Carballeira y del director de cine Javier Aguirre, ha desarrollado una larga carrera profesional vinculada al mundo del cine, formando parte del equipo de directores como Mario Camus, Pedro Almodóvar, Carlos Saura o Luis García Berlanga, entre otros. También es doctora en Filología Hispánica y ha publicado dos libros: Buñuel, lector de Galdós, (Premio de Investigación Pérez Galdós 2003) y 34 actores hablan de su oficio (Ed. Cátedra, 2008), este último secuela de su documental Hécuba, un sueño de pasión, nominada a los Premios Goya.

Aguirre ha participado en numerosos festivales internacionales, siendo premiada en el WOW Film Festival, en el Cinedans Amsterdam y en el Encounters South African International Documentary Festival. Con su largometraje documental, Dancing Beethoven, estrenado en 2017 fue nominada al Premio Goya a Mejor Documental, así como a los Premios Forqué y Platino en la misma categoría. Con este documental ya consiguió la Espiga de Plata en la sección Tiempo de Historia de la SEMINCI 2016.

En 2020 vio la luz su largometraje Zurbarán y sus doce hijos, estrenado en la sección “Tiempo de Historia” de la Seminci de Valladolid.

En diciembre de 2021 se convirtió en la sexta mujer en ingresar en la Real Academia de Bellas Artes de Madrid.

2024 · Ciento volando

2020 · Zurbarán y sus doce hijos

2018 · El amor y la muerte. Historia de Enrique Granados. 

2017 · La zarza de Moisés

2016 · Dancing Beethoven

2015 · Una rosa para Soler

2013 · La gira por China

2012 · Nuria Espert. Una mujer de teatro

2012 · Juan y Teresa

2011 · An american swan in Paris

2010 · Béjart Ballet au Palais Garnier

2009 · El esfuerzo y el ánimo

2008 · Un ballet para el siglo XXI

2006 · Hécuba. Un sueño de pasión

2003 · Un instante en la vida ajena