El primer largometraje de Baker fue Four Letter Words, una película que gira en torno a la apariencia, los puntos de vista, las actitudes y el lenguaje de los hombres jóvenes en Estados Unidos. Baker escribió, dirigió y editó la película.  Luego, Baker hizo Take Out, que coescribió, co-dirigió, coeditó y coprodujo con Shih-Ching Tsou. La película gira en torno a un inmigrante chino ilegal que se atrasa en el pago de una deuda de contrabando, dejándole solo un día para conseguir el dinero.  La película tuvo su estreno mundial en el Slamdance Film Festival el 18 de enero de 2004, pero no recibió un lanzamiento limitado hasta el 6 de junio de 2008. Prince of Broadway, se estrenó en el Los Angeles Film Festival el 22 de junio de 2008.  La película sigue a un estafador callejero de Nueva York que se gana la vida creando imitaciones de marca, y su descubrimiento de que tiene un hijo. La quinta película de Baker, Tangerine, sigue a una trabajadora sexual transexual que descubre que su novio y proxeneta la han estado engañando. La película fue filmada utilizando tres teléfonos inteligentes iPhone 5s y recibió elogios por sus innovadoras técnicas de realización cinematográfica.

La película más reciente de Baker, The Florida Project, se estrenó en la Quincena de Directores del Festival de Cine de Cannes 2017.

2000 · Four Letter Words

2004 · Take Out

2008 · Prince of Broadway

2012 · Starlet

2015 · Tangerine

2017 · The Florida Project